有了军事司法审判机构，还必须有司法检察机构，于是在这次调整中刘浩然又新设立了独立军事检察官，他们直接由都承旨签枢密院事直接任命和管理，负责对军中司法和执法的监督，负责担任军方公诉人，也负责对军政司军纪管理进行监督，与镇抚署组成了完全独立的军中司法体系。

军情司职责未变，依然保持原来的状态，不过它的主官有一项特权。就是可以向侍从司直接提交关系重大的军事情报。

枢密院进行了调整，陆军部和海军部也进行了大幅调整，陆军部和海军部现在只负责军中将士的招募入伍、军籍管理、退伍退役管理、陆海军医院和陆海军医大学管理以及与参军总署、军政司共同管理军官、士官学院，还有对所有涉及军用武器、物资生产工厂的管理。按照新的流程，所有的陆海军有关的兵工厂、弹药厂、造船厂等工厂均由陆军部和海军部管理，军辎司只是根据参军总署与各部队确定的要求数量向这些工厂下订单采购，而陆军部和海军部主要的责任是按照军辎司的要求监督各工厂按质按量的完成订单，及时交货，然后付款，因为军费掌握在陆海军部的手里。

按照刘浩然开始实行的财政预算案，陆海军每年也需要列出未来一年整个陆海军日常的费用。包括为部队装备枪械火炮、日常营地枪炮维护、日常将士军饷粮草、新舰建造计划、军舰日常维护等等，算出一笔总账之后，计部将钱款分别划到陆军部和海军部，而这两部再每一季划拨给军辎司，计部监督陆军部和海军部的军费使用，陆海军部则监督枢密院的军费使用。自从大明商业银行林立之后，按照刘浩然的指示，陆海军部为每一位已经入伍的将士和新入伍的将士在有皇家、官方、军方三方背景的富国银行开设私人账户，每月的军饷和津贴全部由陆海军部直接划拨到将士们的私人账户上去。

大明陆海军的军饷是根据军衔确定的，而津贴是根据军种和岗位确定，都是固定好的，陆海军部掌握着陆海军的军籍，你军令司如何调整军衔、岗位陆海军部不管，但是你必须通知我进行档案调整，然后军饷津贴按章执行。

不过战争时期不一样，一旦准备进行战事，参军总署和军辎司预计花费的钱粮列出来，由皇帝陛下批准，交给内阁，计部将钱划出来，直接拨给军辎司，然后向各工厂下订单，事后对各参战将士进行犒赏，不过这个费用你必须列出清单，战后交由陆海部审计，最后交给计部审计销账。

大明陆海军部还有一项重要职责，那就是整个大明的国防教育。除了每年一次的招兵和学员军官招考，大明陆海军部每年还会列出一笔预算，用于各省的民兵和预备役训练，以及对国民的国防教育。

在这次调整，刘浩然对大明陆海军进行了大幅度的调整。陆军方面，继续保持常备军、守备军和民兵预备役军的区分。

按照刘浩然的计划，大明常备陆军将保持一百三十个步兵团，其中包括大内亲军的十个步兵团，全部装备火枪；四十个炮兵团，其中包括大内亲军的三个炮兵团和单独的十个重炮团和四个特种炮兵团；五十三个辎重团，其中包括大内亲军的三个辎重团和单独的十个快速辎重团。炮兵团很好理解了。辎重团就是运输团，它负责所属师的军辎保管、运输和护卫，一般有两千余人，多装备马车、驴车、骡子等“运输工具”，有一定的自卫能力。

刘浩然提出常备陆军在团的机构上增加师的编制，一个师直辖三个步兵团，一个炮兵团，一个辎重团，一个直属工兵营，一个直属侦骑队、一个直属军令队、一个护旗营和其它师部直属单位，总人数在一万五千人左右。师的军事长官为统制，军政长官为录事长，幕僚长官为参军长。平日师部与各团分开，各驻一地，只留直属单位在师部。共计四十个步兵师。

常备陆军还将编练四十个骑兵团，其中包括大内亲军的两个骑兵团和两个独立的侦骑团，共编为十二个骑兵师，加上师属单位，大约在一万人左右。

如此算下来，整个大明的常备陆军包括大内亲军，总人数在八十五万。

由于这个人数十分庞大，加上刘浩然准备让自己的军队从半军半屯逐步走向全军事化，但是受现在生产条件的限制，数百万军队完全职业化是做不到的，但是刘浩然设想至少要让常备军逐步完全职业化。

因此，为了减轻百姓的负担，刘浩然大幅度裁减了守备军的人数，从此前的一百六十余万裁减到如今的一百个步兵团，四十个骑兵团，二十个炮兵团，总计五十万。他们依然以团为单位，分布在各交通要地和重要城镇附近。他们平时半军半屯，尽可能保证粮食自给，同时也负责各自防区的军事防务。一旦战事发生，他们将接受军令司下达的动员命令，听从参军总署的调遣，加入到指定的常备军步兵师序列中去，成为他们的补充。

而民兵预备役依然由各地的县尉和守备负责日常管理和训练，一旦战事发生，他们将听从军令司的动员令，迅速集结到府治，组成预备役团，随时听从参军总署的命令补充到指定的常备师中去。县尉除了这个任务之外，还负责每年一次的招兵工作。

而各省的都指挥使除了管理各地的预备役民兵之外，还负责管理该省辖区内的守备部队，但是他没有调遣权，各守备部队只听从枢密院军令司的调遣。