在此期间，皇太极继续向明进攻，曾四次绕过山海关，深入明朝内地，大肆抢掠骚扰，削弱和消耗明朝的实力。后金天聪三年（1629年）十月，皇太极以蒙古军为向导，亲率大军，从龙井关、大安口(今河北遵化北)绕到河北，直扑明朝京城北京。使明京师震惊。明督师袁崇焕闻讯，急率锦州总兵祖大寿等自山海关疾驰入援。皇太极认为袁崇焕在职，关外诸城难攻，便巧施反间计陷害袁崇焕。时皇太极屯兵南海子，先是俘获明朝太监二人，后又命人故作耳语，让两太监听真，说皇太极与袁崇焕有密约，然后暗纵两太监归去。太监回报崇祯帝，生性多疑的崇祯帝将袁崇焕下狱，最终自毁长城，处死了袁崇焕。此次皇太极统兵入塞，先后攻克遵化、永平、滦州、迁安四城，次年自率大军退还盛京，而留阿敏等驻守关内四城。不久，关内四城被明军收复，阿敏率残兵败将逃归。
后金天聪七、八年间（1633－1634年），明朝叛将孔有德、耿仲明、尚可喜等先后航海来降，大为增强了后金的实力，清崇德元年（1636年），皇太极又命阿济格等入长城，破昌平，焚天寿山德陵（明熹宗陵），然后绕过北京，直插保定以南，凡克城十二座，俘获人口牲畜十八万。明朝督师张凤翼等皆按兵不敢战，听任清兵从容退去。
清崇德三年（1638年），皇太极又命多尔衮等越过长城，大举深入。明朝以卢象升为督师，宦官高起潜为监军。负责督军迎敌。而高起潜与兵部尚书杨嗣昌皆不欲战，结果卢象升孤军奋斗，在矩鹿贾庄血战而死。这年冬，清兵大蹂畿辅，连下四十三城。次年，清兵南下入山东，攻破济南，俘明德王朱由枢。然后清兵由山东回师出塞，明军皆尾随不敢击，这次出塞，清兵俘汉人四十六万余，获白金百余万，满载而归。 清崇德六年（1641年），皇太极发兵围攻锦州。明蓟辽总督洪承畴率吴三桂等八总兵领兵十三万来援，进师松山。皇太极闻知，亲率大军陈师于松山、杏山之间，切断明军粮道。明军大乱。清军趁势掩杀，前堵后追。明兵十数万土崩瓦解，先后被斩杀者五万三千多人，自相践踏死者及赴海死者更是无计其数。最后，总督洪承畴等被围于松山，于次年被俘，归降于清朝。锦州守将闻之，祖大寿率众出降。塔山、杏山也相继落入清军之手。使明朝完全丧失再战的能力。山海关外，仅存宁远一座孤城。
清崇德七年（1642）十月，皇太极又命阿巴泰等在皇太极生前最后一次入关攻明，兵分两路入长城，共会于蓟州，直抵山东兖州而还，攻破三府十八州六十七县，杀明宗室鲁王，俘获人民三十六万余口、牲畜五十万头。次年（1643年）四月，阿巴泰等始率军经通州徐徐凯旋。清兵南北往返，明朝诸军皆尾随其后，始终未敢一战。
由于精神长期处于紧张状态，严重地损害了皇太极的健康，从崇德五年（1640年）起，病况频频发生。崇德六年（1641年）九月，皇太极宠爱的宸妃病亡，他极为哀痛，一直朝思暮想，致使情志不舒，痰火上升，头晕目眩。崇德八年（1643年）八月九日，皇太极在沈阳皇宫东暖阁寝宫猝然中风而亡，未能实现夺取全国政权的夙愿。
皇太极一生勤于政事，勇于战阵，诸多军国大事，事必躬亲。他极富开拓精神，既有强烈的民族意识，又积极吸收汉族文化，兴利除弊，优礼汉官，并仿照明朝官制，确立了封建农奴制，使满族进入封建社会。堪称“上承太祖开国之绪业，下启清代一统之宏图”的创业之君。
崇德八年（1643年）八月初九日，皇太极驾部于清宁宫，终年五十二岁。死后葬昭陵，庙号“太宗”，谥号“文皇帝”。皇太极在位十七年间，统一了东北全境，促进了东北地区经济的发展，缔造了历史上最后一个封建王朝，并为之取代大明登上中原舞台奠定了坚实的基业。他是中国封建社会历史上一位有远见卓识和重大历史贡献的君主。
2、文治
1）、厘正和改革。努尔哈赤驾崩之前，由于对广大汉族降民采取高压政策，以至屡屡发生汉人反抗事件，满汉民族矛盾十分激烈。皇太极对此做了更张：他严格制止满族官员擅自勒索汉人财物，违者从严惩处；停止修筑城廊及边墙工程，减少汉人负担，使其有更多的时间耕作生产；从前汉人每十三名壮了编为一庄，分给满官为奴。重新改为每名满族备御只给壮丁八人、牛二头，其余的汉人编为民户 ，由汉官管理，不与满人杂处。这些措施初步缓解了民族矛盾。社会趋于安定。
2）、改革八旗贝勒共理国政和四大贝勒按月输值、执掌政务的旧制。
仿照明朝制度建立吏、户、礼、工、刑、兵六部；取消三大贝勒代善、阿敏、莽古尔泰按月分值，同时，设立“八大臣”、“十六大臣”与诸王贝勒共同参政议政；天聪五年十二月，皇太极依据礼部参政李伯龙的建议将原朝贺时大贝勒与皇太极并列而坐的体制，改成皇太极一人南面中坐，“以昭至尊之体”。
3）、积极倡导汉族先进文化，革除满族陋俗。皇太极虽然是满族出身的统治者，却颇有政治眼光。为适应满族社会发展需要，今文臣达海等人翻译汉文典籍，如，《刑部会典》、《素书》、《三略》以及《孟子》、《三国志》、《通鉴》等书。同时，对其本民族长期存在的“婚娶则不择族类，父死子妻其母”等陋俗禁行禁止，并且不许娶继母、婶母、弟妇、侄妇以及取消族内通婚现象。
4）、改女真为满洲，建国号为大清皇太极做了两件大事，影响千古，永垂史册。一件是改族名女真为满洲。天聪九年（1635年）十月十三日，天聪汗皇太极发布改族名为满洲的诏令，从此，满洲族（简称满族）的名称正式出现在中华和世界的史册上；另一件是改国号大金为大清。天聪十年（1636年）四月十一日，皇太极在沈阳皇宫大政殿举行即皇帝位的典礼，改国号“大金”为“大清”，改年号“天聪”为“崇德”。因为皇太极有两个年号：一个是天聪，另一个是崇德，所以清朝出现十二帝十三朝的现象。
3、武功
1）、兵锋东指，两征朝鲜
天聪元年（1627年）正月，皇太极命二大贝勒阿敏等率军东征朝鲜。阿敏统率大军，过鸭绿江，占领平壤。三月，双方在江华岛杀白马、黑牛，焚香、盟誓，定下“兄弟之盟”。崇德元年（1636年）皇太极称帝大典时，朝鲜使臣拒不跪拜，双方撕扯，仍不屈服。皇太极认为：这是朝鲜国王效忠明朝、对清不从的表现。十二月，皇太极以此为借口，第二次对朝鲜用兵。皇太极亲自统率清军渡鸭绿江，前锋直指王京汉城。朝鲜国王李倧逃到南汉山城。皇太极也率军到南汉山城驻营。第二年正月，李请降，奉清国正朔，向清帝朝贡。皇太极在汉江东岸三田渡设坛，举行受降仪式，确立了清同朝鲜的“君臣之盟”。皇太极两次用兵朝鲜，达到一石三鸟的目的—— 一是改变了朝鲜徘徊于明朝和清朝之间的立场，二是得到了来自朝鲜充足的物资供应，三是解除了南攻明朝的东顾之忧。
2）、挥军北上，征抚索伦
皇太极向北用兵，兵锋直指黑龙江上游、中游和下游地域。皇太极的策略是：“慑之以兵，怀之以德。”达斡尔头人巴尔达齐居住在精奇里江（今结雅河）多科屯。皇太极将宗室女儿嫁给巴尔达齐，他成了皇太极的额驸（驸马，侄女婿）。不久，索伦部的许多首领相继到沈阳朝贡，表示归顺。崇德年间，皇太极两次发兵索伦，征讨博穆博果尔。双方在黑龙江上游雅克萨（今俄罗斯阿尔巴津）、呼玛尔（今呼玛）等地遭遇，经过激战，清军获胜，但损失很大。博穆博果尔率余部北逃。皇太极采用“声南击北”的计谋，预先埋伏蒙古骑兵截其逃路，将率众逃到齐洛台（今俄罗斯赤塔）的博穆博果尔擒获。皇太极征抚并用，以抚为主，终于使贝加尔湖以东、外兴安岭以南、乌苏里江至鄂霍次克海的广阔地域归属于清朝的统治。
3）、大军西进，三征蒙古
天聪二年（1628年），皇太极利用漠南蒙古诸部的矛盾，同反对林丹汗的喀喇沁等部结盟，首次亲统大军进攻林丹汗。到敖木伦，获得胜利，俘获11000余人，后乘胜追到兴安岭。四年后，皇太极再次率军远征林丹汗，长途奔袭至归化城（今呼和浩特市）。林丹汗闻讯，惊慌失措，星夜逃遁。皇太极回军，途中获得明塞外民众数万、牲畜10余万。此后，察哈尔部众叛亲离，分崩瓦解。林丹汗逃至青海打草滩，出痘病死。天聪九年（1635年），皇太极命多尔衮等统军三征察哈尔部。林丹汗的继承人、其子额哲率部民千户归降，并献上传国玉玺。
4）、大兵南指，五入中原
皇太极向明朝用兵，先后取得大凌河之战和松锦之战的胜利，并五次向关内用兵。第一次是天聪三年（1629年），皇太极亲自带领大军，绕道蒙古地区，攻破大安口，围攻北京城；第二次是天聪八年（1634年），皇太极亲统大军，蹂躏宣府、大同一带；第三次是崇德元年（1636年），皇太极命多罗郡王阿济格等率军入关，到延庆，入居庸，取昌平，逼京师。接着，阿济格统军下房山，破顺义，陷平谷，占密云，围绕明都，蹂躏京畿。第四次是崇德三年（1638年），皇太极派多尔衮率军入关，兵锋直抵济南。在长达半年的时间里，多尔衮转战2000余里，攻克济南府城暨3州、55县，获人、畜46万；第五次是崇德七年（1642年），皇太极派阿巴泰率军入关，横扫山东一带，俘获人口36万、牲畜32万余头。皇太极五次大规模入塞，攻打北京，掳掠中州，攻陷济南，皇太极之胆识、之气魄、之谋略确是无以伦比的。