《明熹宗实录》记载，明朝兵部尚书王永光奏称，在宁远之战中，明朝军队前后伤敌数千，内有头目数人，“酋子”一人。蓟辽经略高第则奏报，在后金军队攻城时，明朝军队曾炮毙一个“大头目”，敌人用红布将这个人包裹起来抬走了，还一边走一边放声大哭。明人张岱在其所著的《石匮书后集?袁崇焕列传》中记载，红夷大炮打死敌人不计其数，还击中了“黄龙幕”，伤一“裨王”。敌军认为出师不利，用皮革裹着尸体，一路号哭着撤退了。据此分析，上述史料中提到的“酋子”、“大头目”、“裨王”即为努尔哈赤本人。

令人不解的是，清代官书提及努尔哈赤之死时，都说他是得病而死，至于得的是什么病，则往往讳莫如深。对此，金国平和吴志良的分析是，努尔哈赤在宁远攻城战中中炮受伤，随后又受了袁崇焕这个“小子”的冷言讥讽，回到沈阳后一直耿耿于怀，怒火中烧，导致伤口恶化，后来前往清河洗汤浴，致使伤口进一步恶化，终于并发症而死。炮伤是努尔哈赤致死的最重要原因。大清一代开国君主竟葬身“西洋大炮”口下，为固军心，隐瞒、迟报主将伤亡乃古今中外兵法惯伎。因此，可以大胆推断，努尔哈赤在宁远之战中受伤后致死。在没有新资料以前，这一点似乎可为定论。

第二种说法：死于探索浑河

清代史籍有很多有关努尔哈赤临终前在浑河上情况的记载。《满洲实录》载：“天命十一年（丙寅，1626年）七月二十三日，帝不豫，诣清河温泉坐汤。十三日大渐，欲还京，遂乘舟顺太子河而下。遣人召后觉华岛明代屯粮城北门遗址位于今辽宁省兴城菊花岛乡。迎之于浑河相遇，至艾家堡，离沈阳四十里。八月十一日庚戌未时崩，在位十一年，寿六十八。国政及子孙遗命预有告诫，临终遂不言及。”

当时，从本溪清河温泉坐船顺太子河入浑河是顺流而下，虽然入浑河后坐船是逆流而上，但是返回沈阳皇宫也用不了几天的。由此可见，努尔哈赤从“大渐”至死是有充分时间交待后事的。但是现在看来，无论他是病重在浑河船上，还是没病，都完全不必让大妃来陪着滞留在浑河上而不入宫。那时定会有一个浑河的秘密在努尔哈赤的心中隐藏。当时的情况是否应该如此设想:努尔哈赤与大妃相会之时并非已是生命垂危之际，而是招大妃阿巴亥到浑河上相陪，叙说他对浑河的崇敬和战败后心中的苦闷。见面后，努尔哈赤并没有想到自己会死，更没有想到自己会死得很快，便没有留下什么遗训。而是与大妃谈论着浑河、天柱山入浑河之处的风水、浑河这条龙脉之水对他的天之相助，天之旨意;谈论着将来他们死后要一同埋葬在福陵这块风水宝地上。谈论着他们的孩子多尔衮的聪慧;谈论着让阿巴亥好好的教养多尔衮;谈论着他的子孙后代必将战胜明朝、必将改天换地、必将逐鹿中原、一统江山。此时的努尔哈赤把心中的无限美好憧憬和迁都沈阳的心中秘密完全告诉了阿巴亥，并且情绪激动。寄托的心情，希望他的子孙万代都能稳坐在这条浑河龙脉之上，乘风破浪，永享千年。然而，努尔哈赤却在这兴奋之际内火攻心突然一命归天了。今天的这种设想是否成立呢？需要后人去进一步的解读、考证、推理。但是切切不可片面的否定这种设想。

第三种说法：身患毒疽，不治身亡李鸿彬认为，努尔哈赤回到沈阳以后，一则由于宁远兵败，赫赫有名的沙场老将败在初历战阵的青年将领手中，精神上受到很大的创伤，整日心情郁忿；二则因为年迈体衰，长期驰骋疆场，鞍马劳累，积劳成疾。同年七月中，努尔哈赤身患毒疽，并非炮伤，二十三日往清河汤泉疗养。到了八月七日，他的病情突然加重。十一日，便乘船顺太子河而下，转入浑河时，与前来迎接的太妃纳喇氏相见后，行至离沈阳四十里的鸡堡死去。

当然，历史还需要更多的证据。