卑弥呼登上权力宝座之后，据说常年居住在深宫里，很少与外人见面，后世学者认为这是为了保持其作为与上天沟通的神祭者的神秘面纱。据《魏志·倭人传》记载，这位女王有千余名女奴婢服侍，而平常的饮食起居都通过一个男侍来完成，又说其只是以大祭司的身份来统治国家，而真正以世俗权力统治邪马台国的则是这个男侍。而这个男侍在有些学者看来，即史书上所记的“有男弟佐治国”的那个“男弟”。

卑弥呼女王统治期间，邪马台国已出现大率、大倭、大夫等官职，这些官职均由占统治地位的“大人”阶层出任。大率是邪马台国派驻各附属国的督察官员，大倭监管集市贸易，大夫则是掌管外交事务的官员。除了“大人”，邪马台国还有“下户”和“生口”两大被统治阶层。“下户”为自由民，有家室，交纳租税，占人口的绝大多数，是主要的劳动力。他们与“大人”等级分明，尊卑有序，“大人”可娶四五个妻子，而“下户”只可娶二三个妻子，除此之外，如果两者在途中相遇，“下户”必须要避到草丛当中，或蹲或跪，两只手要抵在地上，只有这样才算恭敬，在回话的时候，要说“噫”，如同现在的“是的”。相对于“下户”的自由之身，“生口”则为彻底的奴隶，这些奴隶多为战俘和罪犯，供统治阶层随意驱使，有的还被用来作为殉葬品。

卑弥呼时期的邪马台国由于铁器农具的大量使用，农业生产力大幅提升，粮食出现了剩余，这些剩余的粮食有的就被用来酿酒，在邪马台国，不分男女，都逐渐养成了嗜酒的习惯。除了粮食的富余，贸易也开始兴盛起来，出现了“国国有市，交易有无”的繁荣景象。

当时的人认为凡事都已注定，无论什么事情都要问个吉凶，占卜一般采用烧骨的方式，然后按火烧出来的痕迹来断定凶吉。还有一个习俗颇引人注目，当时若是有人去世，不立刻下葬，而是在家中停尸十天左右，在这十天里，丧主不能吃肉，而当丧主哭泣时，参加丧礼的人则唱歌跳舞，一起喝酒，等死者入土，葬礼结束后，丧主全家要沐浴更衣。这一时期，民风淳厚，极少发生偷盗淫邪的恶事。当时人似乎还没有用上筷子，吃饭都用手抓，且冬夏吃的都是生菜。

这一时期，日本列岛基本上处于相对稳定发展的阶段，虽然由于地域差异而导致各国发展并不平衡，但是相互融合的步伐正在加快，当然，这种融合也不完全是和风细雨的。邪马台国的卑弥呼女王与狗奴国的卑弥弓呼交恶，两国交战多年，各有损失。卑弥呼女王便通过带方郡向魏国求助，而就在这个时候，也就是公元246年，带方郡发生了当地人起义，守城太守战死，虽然魏国很快平定了这次起义，但在太守战死的这一段时间内，带方郡也陷入了短时的混乱，直到第二年，新上任的郡守才处理卑弥呼女王的求助事宜。虽然由于魏国的相助，邪马台国稳定了局势，恢复了盟主的地位，但是由于魏国援军姗姗来迟，卑弥呼女王已经在和狗奴国的战争中战死。

卑弥呼死后，邪马台国曾经立过一个男子为王，但是却因此引发了一场内乱，支持者与反对者相互对立争斗，死了近千人。后立卑弥呼的宗女壹与为王，动乱的局势才算稳定下来。传说，这位新任女王与卑弥呼相同，也是一个祭司。

然而相同的身份，却不能创造相同的成绩。政局虽重新稳定了下来，但邪马台国却再没有了曾经女王在位时的辉煌，单凭此后百余年间中国史书再没提及倭国及邪马台国一事便可见一斑。邪马台国的衰落，几乎已能肯定，而另一个更强大的国家则正在发展、酝酿。