这一年，宇多天皇退位，年仅13岁的醍醐天皇即位。菅原道真和藤原时平被宇多天皇指定为辅佐醍醐天皇的重臣。虽然藤原时平的官位比菅原道真要高，但菅原道真学识渊博，经验丰富，远非年纪轻轻的藤原时平可比，于是，菅原道真掌握了国政的主导权。

掌握国政的菅原道真继续深化他的改革，这引起了贵族们的不满，他们认为菅原道真是在独断专行。从898年开始，反对菅原道真的贵族不再出席议政会议，政务处于荒怠的状态。与此同时，反对菅原道真的贵族们正在积极寻找新的领头人，他们看中了藤原时平。

901年，藤原时平指使大纳言源光、中纳言藤原定国、藏人头藤原菅根诬陷菅原道真要废掉醍醐天皇，立齐世亲王为天皇。醍醐天皇听信了藤原派的一面之词，下诏将菅原道真贬为九州太宰府次官，名为贬谪，实为流放。醍醐天皇下达诏书后的第5天，菅原道真离开了京城，他这一去再也没能回来。

藤原时平掌握朝政实权后，继续施行菅原道真的改革，然而他的改革也与菅原道真一样，进行得不太顺利。原本支持藤原时平的朝廷贵族并没有配合他的改革措施，尤其是对于通过录用考试而成为官僚的人来说，藤原时平的改革是在推翻他们安身立命的思想与制度，他们因此站到了藤原时平的对立面。藤原时平由此陷入了困境。

为了改变官僚们汉文至上的价值观，藤原时平将目光落到了自己钟情的平假名上面。他决定编写一部用平假名书写的和歌集，向官僚们宣布新时代的到来。

藤原时平召集了纪贯之、纪友则、凡河内躬恒、壬生忠岑等人，比起汉诗，这些人更擅长写和歌。他们收集了贵族家的旧和歌集，然后将里面的内容用平假名进行改写。编写者们每天废寝忘食工作到深夜，不断讨论、修改，整个编写工作持续了三年时间。

905年，藤原时平将所编成的和歌集取名为《古今和歌集》，并将之献给醍醐天皇。藤原时平认为“大和之歌以心为源，意广而情深”，以此高调宣扬平假名的巨大功用。《古今和歌集》成书后，逐渐成为各级官僚必看的案头书，汉文至上的意识也随之逐渐淡化。在这以后的四年间，藤原时平成功改革了财政制度，史称“延喜改革”。

平假名成为正式文字以后，日本本土文学也有了进一步发展，孕育出了世界第一部长篇小说《源氏物语》，以及清少纳言的散文集《枕草子》等平假名作品。以平假名为代表的日本国风文化在建筑、服饰等领域广泛盛行。

909年4月，藤原时平离开了人世，享年39岁。