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一朝天子一朝臣，其实随着权力转移的，不只是权力的依附者，还有维护权力的制度与律令。当德川家康最终取代丰臣氏而掌握了全国政权之时起，一个全新的属于德川家族的时代便拉开了帷幕。为了长久地把持权力，德川幕府的世代将军都在不断改革以适应社会上发生的关键性变化。于是，有了长达260多年的江户时代。然而，正如并非所有的实验都会成功一样，德川幕府的改革也不可能始终得到民众的支持，“天保改革”便是一个失败的典型。但政坛不同于实验室，没有重新来过的可能与机会，一次失败会造成无法弥补的后果，“天保改革”就将德川幕府拉入了不可挽救的深渊。
“太阁”丰臣秀吉死后，其政权内部立刻出现了两派对立的势力。以石田三成为首的一派坚持拥立丰臣秀吉幼子丰臣秀赖为将军，继续丰臣氏的绝对统治，而以德川家康为首的另一派则想通过夺权结束丰臣氏统治，自己取而代之。
1600年9月，德川家康与石田三成两派之间爆发了著名的“关原合战”。这一战德川家康获得最终胜利，取代丰臣氏掌握了全国政权。1603年，时人称之为“老狐狸”的德川家康被封为“征夷大将军”，受封后不久，立刻在江户城开设幕府，开始了最强盛也是最后的武家政权。这一时代被后人称为“江户时代”。
或许是为了向曾经侍奉过的“太阁”丰臣秀吉学习，或许是为了稳固德川氏永世的统治，1605年，德川家康把“征夷大将军”的职位让与儿子德川秀忠，自称“大御所”并隐居骏府城，但在背后仍然掌握着幕府军政实权。1615年5月，德川家康发动“大阪之役”，彻底打垮了一直与自己作对的丰臣秀赖及其追随势力，1616年3月，他出任太政大臣，并向明朝皇帝称藩，被明朝皇帝册封为“日本国王”。
在国内建立起绝对的统治地位后，德川家康吸取丰臣秀吉的教训，对中央和地方机构进行了系统而严格的设置。在中央机构方面，德川幕府设置了“大老”、“老中”、“若年寄”、“奏者番”、“高家”、“大目付”、“町奉行”、“勘定奉行”和“寺社奉行”九种职位。
“大老”是德川幕府临时设置的最高官职，负责政务，参与重要政策的确定；“老中”是幕府中央常设的最高职务，直属征夷大将军统辖，是具有最大权力的政务官；“若年寄”主要负责管理将军直属的武将“旗本”以及家臣“御家人”；“奏者番”是礼仪官，负责幕府所用礼仪事项；“高家”是“老中”的属官，掌管幕府的典章；“大目付”也是“老中”的属官，主要负责对各地大名的监察；“町奉行”负责掌管江户城内的民政与刑事事务；与其同为一级的“勘定奉行”负责幕府的财政；寺社奉行主管全国的寺院和神社。
在地方机构方面，德川幕府设置了京都所司代、大阪城代以及骏府城代。京都所司代负责京都警卫，对皇室与关西大名进行监视，并管理畿内的幕府直辖地，是地方官职中职权最高的官位；大阪城代是幕府派驻到大阪的最高官员，全面负责大阪城的内外事务，包括军事指挥权及诉讼裁断权，由德川幕府的重要家臣担任；骏府城代是骏府的最高官员，其职责与大阪城代相同。这些地方官员的下属统称为远国奉行，由“老中”统辖。
在加强中央集权的同时，德川幕府也加强了对各地大名的控制。1615年，德川幕府颁布了《武家诸法度》，规定各地大名要在一定期间轮流来江户参觐，对参觐时的随员数量也作出了具体规定。1635年，德川幕府的第三代将军德川家光修订《武家诸法度》后，对大名参觐制度进行了完善，修订后的《法度》规定：全国大名一年当中必须有一半时间留住江户，辅佐将军，期满后可回自己的领国，但是随其而来的妻小家眷以及重要的家臣还要继续留在江户，实际上成了德川幕府的人质。《法度》还规定各地大名在江户的住所要自行修建，供养妻小家臣的费用及参觐的路费，也都由大名自己承担。幕府的这一规定不仅有效监管了大名的行为，也削弱了大名的经济实力，令其很难反抗幕府。
俗话说无心插柳柳成荫，原本为了加强对大名的监管，制定了参觐制度，但是随着大名每年定期来到江户，且随行有大量的家臣和侍从，这些人长久住在江户，极大地促进了江户地区商业、娱乐业的发展，也间接带动了文艺的兴起，并最终发展成为独具日本特色的艺术形式。现代日本的传统文化，诸如茶道、花道、相扑、艺伎等都是在这一时期兴起并成形的。
德川幕府相较于镰仓幕府和室町幕府，其权威和统治力更甚一筹，这不仅来自于幕府强大的军事力量，也与其拥有的巨大财富分不开。当时全国的土地总收入约为3000万石，而幕府单从直辖领地就能收获700万石的年贡，这还不包括各地大名交纳的年贡。除了从土地上获取巨大收入，幕府还将触角伸向了江户、大阪、长崎这些大城市，从这些城市的各类税赋中抽取一定比例的数额。此外，幕府还控制了矿山的开采权和对外贸易。
江户时代的身份等级制度在沿袭丰臣秀吉制定的《身份统制令》的基础上，有了更进一步的细化，其规定也较原有的统制令严格。比如士、农、工、商中的商人，虽然属于富裕阶层，但德川幕府特意规定，商人不准穿戴华丽昂贵的衣服，只能身披简单粗陋的服饰，这一规定同样适用于手工业者。当时，商人和手工业者都居住在依各地方大名居住的主城而建的市镇里，这些市镇被称作“城下町”，商业和手工业者因此也成为“町人”。