为了巩固权力，1863年，“公武合体派”驱逐了“尊王攘夷派”在京都的势力，掌握了政局的主导权。1864年，幕府对“公武合体”进行改革，建立了由幕府和各地强藩大名组成的参领会议，这实际上又企图架空天皇的权力。

虽然京都的“尊王攘夷派”遭到驱逐，但是地方强藩的“尊王攘夷”依旧如火如荼。长州藩和萨摩藩是地方“尊王攘夷”的中心，他们驱逐了幕府派驻本地的官员，对美、英等国的船只和人员进行炮击和杀害。这一举动引起了西方列强的不满，美、英、法、荷等四国对长州藩和萨摩藩进行了严厉的报复，迫使两藩屈服，并要求赔偿战争损失。而此时，对“尊王攘夷”愈演愈烈的长州藩和萨摩藩强烈不满的幕府也发动了对两藩的征讨。在内乏外攻之下，长州藩和萨摩藩只好向幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，“尊王攘夷”志士被迫逃亡。

斗争的失利使“尊王攘夷派”认识到若想抵御外国侵略，使本国独立富强，必须先打倒软弱无能的幕府。“尊王攘夷派”随即改变战略，由“攘夷派”转化成了“倒幕派”。1867年1月30日，孝明天皇去世，16岁的睦仁太子即位。在倒幕派的鼓舞和支持下，1867年12月9日，睦仁天皇实行“王政复古”，废除摄政、关白、幕府，设立“总裁”、“议定”和“参与”三个新职务；发布《王政复古大号令》作为施政纲领。

看到新天皇的一系列举措后，为了试探天皇的用意，幕府将军德川庆喜以退为进，向朝廷提出辞去将军一职。倒幕派认为其是在假意拖延，因为德川庆喜即使去职，还是拥有大量的直辖领地和武装，这些都对天皇权力构成威胁。倒幕派决定对德川庆喜的势力采取彻底的打击，但是没等他们动手，德川庆喜却先下手了。

1868年1月26日，1.5万名幕府军兵分两路朝京都进发，第二天早晨，一路8000人来到京都附近的伏见，另一路7000人来到鸟羽，准备对京都形成包围。倒幕派立即组织实力最强的长州藩和萨摩藩分兵御敌。当时的倒幕军人数只有幕府军的三分之一，但是他们装备精良，士气高昂，并且还受到百姓的拥护和支持。

1月27日黄昏，幕府军开始发动进攻，遭到了倒幕军顽强的阻击，幕府军未能前进一步，而倒幕军猛烈的炮火却使幕府军伤亡惨重。幕府军决定趁夜色发起突袭，但是倒幕军早有准备，突袭失败。到次日清晨，幕府军开始溃退，倒幕军乘胜追击，于1月30日攻占了大阪，原本在大阪等候胜利消息的德川庆喜在城破前已乘坐军舰从大阪逃到了江户。倒幕军专攻江户，江户守军无心抵抗，投降了倒幕军。德川幕府近300年的统治宣告终结。之后，德川庆喜被封于静冈，后迁至骏府，1913年，他因肺炎去世，享年77岁，他是德川幕府历代将军中最长寿的一个。

长达260年的江户时代，与这位最长寿的德川幕府将军一起，随着德川幕府统治的结束都沉入了历史的深渊之中，成了仅供回忆与追思的过往。然而，时间对此未表现出丝毫的同情与怜惜，只是头也不回地继续狂奔向前，因为接下来的日子可能会更精彩。