黄道周随勉强奏够三千多名士卒，与兵部职方司主事赵士超，一起踏上征途。

临行前，隆武皇帝，手中无兵无粮，只能给黄道周一百多道空白的委任状，让其在沿途自行招募忠义之事，自筹军饷。

被王彦留在福京的王威，看见黄道周手下的兵将，大都是应募而来，缺乏作战经验，而黄道周本人也是个手无缚鸡之力的文臣，只是临时看了一些兵书，却从来没有指挥过军队的经验。

王威久在军中，又随王彦与清军交手，只道清兵的厉害，而黄道周手下的兵马，显然不可能战胜清军，于是他在送别黄道周的时候，向他建议，遣散队伍，只带少数精锐，由小路直接进入赣州，以大学士督师的名义，节制和调动湖广、西南等地的总督、巡抚、总兵，会师进取。

只是黄道周却舍不得手上的三千兵马，认为有总比没有好，便没有采纳王威的建议。

王威见此，心中无奈，只得从忠义营中调拨精兵五百，让为首的百户，千万护住阁老周全。

九月底，黄道周，出仙霞关，欲先救出被清军围困在徽州山中的江天一，但大军进入徽州后，却蒙头转向，直到江天一被清军逼得遁走宁国府，去太湖投陈子龙，他才弄清楚，他的军队与江天一部，不过一山之隔。

解救江天一的计划失败后，黄道周随带兵马转入江西，并一再写信策反清廷的江西提督金声恒，但被其置之不理。

十月初抵达广信，黄道周凭借个人威望，募得三个月兵粮，随分兵三路，向清兵发起进攻，一路向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，但三路皆败。

不久后，清军宁国总兵胡茂祯，池州总兵于永绶，徽州总兵李仲兴、芜湖总兵卜从善，探听道黄道周在婺源县境明堂里下营，随分三路围攻，黄道周部下，损失数千人，余众星散，五百忠义营精兵，护着黄道周且战且逃，但清兵早有准备，三面围攻之下，五百士卒全部战死，黄道周被清军俘获。

随后清军将黄道周押送至南京狱中，他在狱中吟咏如故，有诗云，“六十年来事已非，翻翻复复少生机。老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。”

时清廷派使洪承畴劝降，黄道周又写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。

洪承畴随杀黄道周，临刑前，道周望南而拜，痛声呼道：“臣黄道周拜别吾皇陛下。”他连拜九次后，痛涕道：“陛下啊～臣虽不能再驰骋疆场，为国立业，然忍耻被俘，也断无再生之理，臣死而无怨，望陛下重整朝纲，力挽狂澜，扫除奸雄，挥兵北进，圣朝安得无雪耻之日焉？愿陛下圣意果决，戒之，慎之。”言罢，再拜，而后端坐受刑。

观刑百姓无不痛哭流涕，大呼，“黄大人。”

同日其门人蔡春落、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。

讣讯传至福建，隆武帝“震悼罢朝”，特赐谥“忠烈”，赠文明伯，并令在福州为黄道周立“闵忠”庙，树“中兴大功”坊；另在漳浦立“报忠”庙，树“中兴荩辅”坊，春秋奠祭。