也许是受到对科学解释的影响，科学报通篇都是用的白话文。第一期报纸上，朱由校提出了科学的研究方法应遵循的一般原则有：1、研究程序的公开性；2、收集资料的客观性；3、观察与实验条件的可控性；4、分析方法的系统性；5、所得结论的再现性；6、对未来的预见性。

而至于科学的研究方法，朱由校也专门写了一篇文章来阐述。他认为，进行科学研究，第一是要认识到问题的存在。例如，在研究物体的运动时，首先应当注意到物体为什么会像它所发生的那样进行运动，亦即物体为什么在某种条件下会运动得越来越快（加速运动），而在另一种条件下则会运行得越来越慢（减速运动）。

第二是要把问题的非本质方面找出来，加以剔除。例如，一个物体的味道对物体的运动是不起任何作用的。

第三是要把你能够找到的、同这个问题有关的全部数据都收集起来。例如，可以有意地让一些球从一些斜面上滚下来；这样做时，既可以用各种大小不同的球，也可以改变球的表面性质或者改变斜面的倾斜度，等等。这种有意设计出来的情况就是实验。

第四是有了这些收集起来的数据，就可以作出某种初步的概括，以便尽可能简明地对它们加以说明，亦即用某种简明扼要的语言或者某种数学关系式来加以概括。这也就是假设或假说。

第五是在有了假说以后，你就可以对你以前未打算进行的实验的结果作出推测。下一步，你便可以着手进行这些实验，看看你的假说是否成立。

第六，如果实验获得了预期的结果，那么，你的假说便得到了强有力的事实依据，并可能成为一种理论，甚至成为一条“自然定律”。

朱由校总结了一句话：大胆假设，小心求证，这就是科学研究的基本方法。这个世界有太多我们不懂的知识，都可以通过科学的研究方法搞明白。

朱由校明白，自己的智力最多算得上是中等水平，与大明人相比，多的不过是一些见识。所以他要把自己强于这个世代的一点点东西充分地发挥出来，与大明人的聪明才智结合起来，让大明的科学技术水平有长足的进步。

他呼吁大家，把精力放在研究自然规律上，平日里司空见惯的一些事，其实是有深刻的道理在其中的。格物致知这事，是圣人教导大家探究真理的重要途径，只要把这世界上的道理都弄明白了，更好地理解这个世界。等到有一天，点灯不用蜡烛，耕地不用牛马，就能使大明人过上象三代之治的好日子。

《大明科学报》的目的是让大家提出奇思妙想，彼此交流自己的研究心得，希望能够让大家的想法碰撞而产生新的火花。科学研究是一个长期的过程，但交流非常重要。在首期的报纸上，就登载了伽利略的《水中浮体对话集》的一部分，并且传教士答应，每次从欧洲来的教士，都会将最新的书籍带来大明，与大明的研究工作相印证。