前元时便有过这样的例子，而正德年间浙江也曾经有过这样一件案子，所以后来的州县官老爷们就有了一个习惯，不管库吏的作为，而库吏一旦出事，还得设法为他们隐瞒，让他们想办法去填补亏空。

而有些官员甚至便与他们沆瀣一气，从中得到好处，一切都只瞒着前来巡查的御史。而御史如果过于认真，便会遭到大家的痛恨，告状甚至直接行凶都曾经出现过，也使得一些御史胆寒，常常便是敷衍了事。

而粮库之中更是猫腻奇多，在腾仓换粮之时，粮书便将好粮当成霉变粮食卖出，然后用次粮当成好粮买进。官吏接任时，粮食还是那么多粮食，但里面的货却已经变了。

因为库管粮书如此油水丰厚，所以很多县中，小吏争为之。很多县都有库房旧例，一吏轮管两季，众吏因见是个利薮，人人思想要管，有些县中只能以公议的方式，搞出了个当堂拈阄的方法，而主官也不以为意，居然都认同此种作法。

朱由校听到这里，怒气再也压制不住。劈头对魏忠贤骂道：”你管的好厂卫，竟然让这些油吏所欺，还好意思常常说控制甚严，天下无忧。“

魏忠贤跪倒道：”圣上，奴婢有罪，请陛下责罚。“

孙传庭忙道：”陛下，这此中之弊，便有许多是厂公所提供与臣的。厂公便是无法，才求得臣告于陛下的。“

叶向高道：”陛下，厂卫之责，并不在库管粮仓之事，他们监督的是官而不是吏，所以这倒怪不得厂卫。“

朱由校怒道：”何来此说，这天下不法事都可由厂卫管得，魏忠贤，扣你半年俸禄，以惩你之失。“

叶向高暗暗叫苦，厂卫本来权职已经极大，现在皇帝竟然说天下之事都管得，这样一来，每件事都有厂卫插手，对文官可不利呀。可他一时也无法拿出理由来反对。

魏忠贤自然是叩头谢恩。朱由校又接着说道：”户部负责，将天下各州县库房与粮仓均设为垂直管理，改制之前，户部将在厂卫协助之下，清理天下库房粮仓，《大明律》中不是有明确规定，贪污一百元以上即可判入狱，没收全部家产吗？按法律规定，开展全国的仓库大整治，在整个过程中，廉政公署和经济调查局负责监督户部和厂卫。“

众臣一起领旨。现在皇帝做一件什么事的时候，不再相信一个机构了，即使是魏忠贤的厂卫，也必须同时有别的机构来监督。他曾经对魏忠贤说过：”不是朕不相信你，只是你厂卫人多，你并不能保证每个人都会没有别的想法。人有私心是天然的，我们用手段压制他们的贪心，对他们本身也是有好处的，你总不愿意常常去让人送帛金吧。“

魏忠贤很理解皇帝的作法，甚至常常主动要求别的机构来监督厂卫，象他并不喜欢的六科十三道，只要提出的意见并不是吹毛求疵，也都欣然接受。所以厂卫在文官中的名声倒是比以前好了一些，不过文官反对厂卫权力过大则是从权力争夺方面而来的，这是无解的。内阁中现在也只有孙传庭因为与魏忠贤配合多次，交情颇好，而徐光启无可无不可以外，其他阁臣都是对厂卫有着警惕甚至是敌意的。