1932年12月13日凌晨5时，驻北平的国民党宪兵三团秘密逮捕了北大教授许德珩。14日，各报发表消息，当局秘密捕人的真相大白。
蔡元培再也坐不住了。17日，宋庆龄、蔡元培、杨杏佛等人以“中国民权保障同盟”筹备委员会的名义，发表致蒋介石、行政院代理院院长宋子文、平津卫戍司令于学忠的电报。
电云：“报载，北平警探非法逮捕、监禁各学校教授学生许德珩等多人，至今未释，摧残法治，蹂躏民权，莫此为甚！外来国事凌夷，民气消沉，皆因民权不立，人民在家时怀朝不保暮之恐惧，对外何能鼓同仇敌忾之精神？欲求全国精诚团结，共赴国难，唯有即日由政府明令全国，保障人民集会、结社、言论、出版、信仰诸自由，严禁非法拘禁人民，检查新闻。并望即日释放在平被非法拘禁之学校师生许德珩等，以重民权，而张公道。”
经过近半年的酝酿和筹备，1932年12月18日，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛、林语堂等发起“中国民权保障同盟”，并在上海的《申报》上联名发表《中国民权保障同盟宣言》，在宣言中抨击蒋介石的政权践踏民主、蹂躏人权。
宣言中愤慨地说：“抑制舆论与非法逮捕、杀戮之记载，几为报章所习见，甚至青年男女有时加以政治犯之嫌疑，遂不免秘密军法审判之处分。虽公开审判，向社会公意自求民权辩护之最低限度之人权，亦被剥夺。”
12月30日，蔡元培在上海华安大厦主持召开记者招待会，宣告“中国民权保障同盟”正式成立，由宋庆龄任主席，蔡元培任副主席，杨杏佛任总干事，林语堂任宣传主任。
蔡元培在记者会上说：“我等第一、无党派的成见，……第二、我等无国家的界限……第三、我等对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别。未定罪的人，其人权不应受人蹂躏，是当然的事，已定罪的人，若是冤的，亦救济的必要。至于已定罪的并不冤的人……对于当其罪之罚，不能不认为当然，而不应该再于当然之罚以上再有所加。……希望诸君对于普遍人权保障，能超越国家党派的关系……”
1933年2月，蔡元培在上海的一个青年会活动上，做了以《保障民权之过去与现在》为题目的演讲。
他引述《论语》《孟子》《左传》《国语》等中国传统经典中的观点和典故，说明要想国家统一兴盛，掌权者必须保障民权，允许人民议论国是，乃至于违抗当权者的错误施政。蔡元培引用周厉王禁“腹诽”、秦始皇“焚书坑儒”、汉代“党锢之祸”导致灭亡的历史，告诫南京的国民党当局引以为戒。
“在这国难时期，我们欲图抵抗，这也没有，那也没有，其所以没有的最大原因，就是人才缺乏。培植人才，不是容易的事，原有的就嫌不够，还要求他多起来，哪能再去随便捕杀、随便摧残呢？”
蔡元培并不仅仅是站在道义和人权的立场上，而是从一个思想家的思维来考量。在他看来，只有给人民以自由和权利，他们才会更加自觉的保家守土，为国奉献。反之，收紧人民的自由，不敢让人民有权利当家做主，这样的作法则是短视和愚蠢的，这将使人民对国家的义务感大大削弱，从而从根本上削弱建设国家和保卫国家的动能，与“救亡图存”的旨趣完全违背。
当他游历西方列强时，他感到，正是这些先进国家对民权的重视，使得这些国家的民众对自己的国家和民族有更强烈的责任感、义务感。换而言之，蔡元培始终是一个民族主义者，为了国家的强大，他有一种强烈的意愿要振兴中国的民权事业，而不仅仅是基于执政者的利益而维护国家的稳定，他要以保民权来促进民族的凝聚力、振兴国家，而绝不仅仅是从道义的立场。这就是他在思想深层面的逻辑。
从此，积极地为国民党治下的中国民权事业奔走鼓呼，成了他十分重要活动。
1933年1月，江苏镇江《江声日报》编辑刘煜生，被国民党江苏省政府主席顾祝同以违背《出版法》名下令拘押，后又依据所谓《危害民国紧急治罪法》将他枪杀。此时又传来《时事新报》驻京记者王慰三被枪杀，新闻界人人自危。
2月1日，蔡元培在华安大厦召开民权保障同盟新闻发布会，发表宣言谴责“此种蹂躏人权、破坏法纪之黑暗暴行，已明白证明顾祝同为实质上与北洋军阀毫无二式、亦即为我全国人民之公敌”。要求国民党政府即将顾祝同免职惩办，并务使以后不再发生同类事件。
这年3、4月间，蔡元培为营救被国民党政权逮捕的罗登贤、廖承志、陈赓等人积极奔走。
5月14日，著名女作家、“左翼作家联盟”党团书记丁玲及哲学家、文委书记潘梓年在上海丁玲寓所被国民党特务绑架，并被押往南京。23日，由蔡元培领衔，与杨杏佛、邹韬奋、林语堂等38人联名致电国民党政府，“比闻著作家丁玲、潘梓年，突被上海市公安局逮捕。虽真相未明，然丁、潘二人，在著作界素著声望，于我国文化事业，不无微劳。元培等谊切同文，敢为呼吁，尚恳揆法衡情，量予释放，或移交法院，从宽处理，亦国家怀远佑文之德了。”
这年5月，为了抗议德国希特勒的法西斯暴行，蔡元培与鲁迅、杨杏佛等一道在宋庆龄的率领下前往德国驻沪领事馆递交抗议书。
书称：“本同盟认为此种惨无人道之行为，不特蹂躏人权，且压迫无辜学者作家，不啻于摧残德国文化。兹为人道起见，为社会文化之进步起见，特提出严重之抗议。”