在后来的岁月中，胡适也曾在多次谈及五四运动，表现了他浓重的“五四”情结。

1919年6月，北洋政府任命胡仁源为北大校长，胡适与北大多数师生坚决反对，开展“拒胡迎蔡”活动。

胡仁源出身南洋公学特班生，与蔡元培有师生之谊。按蔡元培的印象和评估，胡仁源后留学英国，虽为工科出身，但具有一定哲学思想，文笔工雅。这在蔡元培看来也是一大优点，认为性近文史哲的学生肯习工艺，尤为难得。胡仁源留学回国后入北大，曾任北大工科学长，并一度代理过校长。蔡元培主持北大后，仍请胡仁源任工科学长，而胡仁源不愿，遂改聘他人。

以曾经代理校长的人来接替蔡元培，资格自然没有问题，应该是一个不错的人选。只是政府内外一些人太急于除掉蔡元培，所以他们推戴胡仁源竟然不择手段，结果弄巧成拙。这些人一方面运动北大学生欢迎胡仁源出任校长，一方面发表“燃犀录”，捏造故事，丑诋蔡元培及沈尹默、理科学长夏元瑮等人。这些一捧一打的手法激起北大学生公愤。北大学生群起抗争，公开宣布拒绝胡仁源出任校长，甚至查明那些煽动欢迎胡仁源的学生给予制裁，

“拒胡迎蔡”。

6月6日晚，北大学生举行全体大会，就政府任命胡仁源为校长一事通过两项决议：

一、推举代表求见胡仁源，警劝其万勿来校；

二、上书总统，请收回成命。

北大全体学生在上总统呈文中以为政府任命胡仁源为校长不合情理，因为蔡校长第二次来电，只说“卧病故乡，未能北上”，并没有说坚决不北上。蔡校长既然没有再次辞职，政府亦没有罢免明文，那么突然任命胡仁源，不仅不合乎情理，而且也没有依据。现在这样突然任命，显然是想拒绝蔡校长北上复职。这是从期待蔡元培回校复职立场上说的。

从胡仁源情况看，北大学生在呈文中表示，其学问信望，均不足以担当北大校长职务，学生为自身学问计，为教育前途、国家前途计，决不敢妄从明令，听其“蟊贼大学，戕害国本”。北大学生的要求非常简单，就是拒绝胡仁源，欢迎蔡元培：“拒胡迎蔡”。

第二天（6月7日）下午，在胡适等人的主持下，北大全体教职员二百余人召开紧急大会，一致决议不承认胡仁源为北大校长，继续坚持要求政府催蔡元培返校复职。当天，全国学生联合会筹备处也公开致电总统府、国务院、教育部，坚拒胡仁源出任北大校长，继续坚持挽留蔡元培。

7月9日，胡适在《民国日报》的《觉悟》副刊上发表《论大学学制》，对恢复民国元年大学学制的提议表示异议，指出这个提案主要目的在于破坏蔡元培校长两年来的改革，使他难堪，不能回北大。胡适在文中为蔡元培改预科三年为两年、文理两科合并等改革措施进行了积极的辩护。

在各方的积极努力下，蔡元培终于在9月回北大复职。蒋梦麟被任命为总务长，胡适被任命为代理教务长，协助蔡元培工作。

在“拒胡迎蔡”的运动中，胡适由于在北大师生中有极高威信，他的作用是别的人无法取代的。