第一是外交和法律的问题。
按照规定程序，美国退还的第二批庚子赔款，是在中基会成立之后，由美国总统签署命令拨付的。现在中国政府对它进行改组，等于说原来的受款机构已经不复存在，即美国政府已经失去付款对象，不能继续付款了。美国是一个法制健全的国家，要想改变这种令人尴尬的状况非常困难。可见南京政府改组中基会之举，过于草率。
第二是观念和影响的问题。
按照杨杏佛等人的想法，既然国民革命已经成功，国民政府（即“国民的政府”）已经成立，那就应该对中基会进行改组，因为它毕竟是由贿选总统曹锟任命的。但是他们没有想到，越是一个好的政府，就越应该尊重学术文化教育的独立。这是现代社会的一个最基本的原则。何况政府的“好”“坏”是相对而言、不以个别人意志为转移的客观存在。因此，假如一个“好”的政府不能保护学术文化教育的独立，那就很可能为“坏”的政府破坏这种独立留下借口，甚至是开了先河。对于这个问题，孟禄教授有一句非常精辟的话。他说：“如果一个出于最善良动机的好政府可以干涉董事会的运作，那么一个带有自私动机的坏政府也可以做同样的事情。”
1928年10月，南京国民政府因改制而取消大学院，并在行政院之下设立教育部。11月下旬，胡适收到新任教育部长蒋梦麟来信，讨论中基会改组的事应该如何补救。蒋根据孟禄、任鸿隽的意见，提出由教育部召集原来的董事开会，让政府不喜欢的5人辞职，再补选5名新的董事。至于修改章程的问题，可以由新董事会讨论解决。蒋还说，等到孟禄抵达上海后，就可以开会。
12月3日，蒋梦麟电邀胡适抵达南京，并于当晚宴请胡适、蔡元培、任鸿隽、王宠惠、罗家伦、孙科等人。胡适曾对孙科说，事已至此，最好由新董事致函原董事会，情愿放弃董事资格，请原董事自由选举，这才可以减少政府干涉之嫌，又能让他们重新当选。
几天后，胡适又在信中对孙科说：也可以“由新董事向政府辞职”，然后“让旧董事会自由选补。”这两个方案的共同点是尊重董事会独立的原则，区别在于前者是让新董事“放弃”董事资格，后者则是让他们向政府“辞职”。在这封信中，胡适还用英文引述了孟禄所谓好政府、坏政府的话。
12月中旬，孟禄如期到达上海，中基会第三次常会也准备在半个月以后举行。经过一番接触和胡适的反复解释，蔡元培等人终于明白问题的严重性。与此同时，孟禄却发现一个新的问题：由于政府的命令在前，如果以教育部而不是国民政府的名义召开会议，还“不能使旧董事会有法律根据”。
这时已经是12月23日，距国民政府本年度的最后一次行政例会只剩下两天时间了。在这种情况下，胡适急忙与蒋梦麟联系，并为他起草了呈请国民政府批准开会的文件，然后让他带回南京。
直到28日傍晚，胡适从蒋梦麟来电中得知，“前案已通过国民政府”，他才如释重负。为此，胡适在当天的日记中感叹道：“其实此次所提之案即是我以前为孙哲生（孙科字哲生）拟的办法。而我的原办法比今回所通过的办法，冠冕堂皇的多了。他们一定不采用我的办法，却一定要等到一个外国人来对他们说，‘不这样办是拿不到钱的’，他们然后照办！说起来真可羞！”
1929年1月3日，中基会在杭州召开会议。胡适在当天的日记中抱怨说：“此次大家都是很难为情的。杨杏佛放了一把火，毫不费力；我们却须用全部救火队之力去救火！”胡适认为大家忍辱负重、顾全大局，不过是“给这个政府留一点面子，替一个无识的妄人圆谎”。为此他又气又恨，非常痛苦。
会议开始后，又出现两个棘手的问题：一是原定由汪精卫接替周诒春担任董事，但是有人反对汪当选，美国董事也“怕他捣乱”；二是5名旧董事的辞职表面上是自己提出，其实仍有政府胁迫之嫌，何况原来由政府任命的5人如果全部当选，也给人以做戏的感觉。
当天晚上，胡适迟迟不能入睡，他觉得“实在没有面孔留在基金会，遂决计辞职，提出任叔永为继任人。”
第二天一早，胡适拿起周诒春交给他的一个董事任期名单，仔细看罢，“忽然想到一个绝妙的解决方法”：第一，由于郭秉文到六月份就要任满，如果让汪精卫接替郭，汪的任期就没多久了。届时只要不推选汪连任，第一个问题就解决了。第二，为了避免有政府胁迫之嫌，董事会应批准他辞职，并选举任鸿隽为董事。这样一来，改选名单由5人变为6人，既可以证明缺额“由本会自选”的原则，又可以表明董事会并没有按政府的意图办事。此外胡适还认为，他主动辞职对于被迫辞职的张伯苓、周诒春等人来说，也是个安慰。
第二天一早，他将这个绝妙的方案介绍给大家，并在会上获得通过。大家本来不同意他辞职，他说：“今年六月便有缺额，你们要让我回来，可以再举我。”董事改选后，新一届董事会又选举蔡元培和蒋梦麟为正副董事长，任鸿隽为秘书兼干事长，翁文灏、赵元任为执行委员。
这一年6月，中基会在天津召开第五次年会，“全体一致票选胡适君继任汪兆铭董事之任”，至此，中基会改组风波才算平息。
会议结束后，有人给胡适寄来一份杂志，内有一篇《胡适之扫兴而回》的署名文章。文章说：胡适对“收回庚子赔款运动颇为卖力，故得历任委员，其公费闻每月有千金之巨”。最近胡适因为落选，“如青天霹历，懊丧异常，……在杭盘桓一夕，即扫兴而回。今后胡博士生活上恐将大受影响矣。”胡适看了之后哈哈大笑，随即给杂志主编回复一信，信中解释了他们“不支俸给，也不支公费，只有到会时可支旅费”的事实，指出了文章中的其他错误，还表示他辞去董事以后，心情非常高兴。